V rámci Výzkumného centra se vymezují tři výzkumné skupiny odpovídající tematickým oblastem výzkumu: první skupina směřuje svůj zájem o vědu do období antiky, druhá do období novověku, a konečně třetí pak do 20. století.
Abecední seznam všech členů centra najdete v sekci Členové.
Členové: Mgr. Miroslav Hanke, Ph.D. PhDr. Martina Kastnerová, Ph.D. Mgr. Iva Lelková, Ph.D. Mgr. Jan Makovský Mgr. Petr Pavlas
Výzkumná skupina pro vědu 20. století
Vedoucí skupiny: Prof. RNDr. Ladislav Kvasz, Ph.D.
Členové: Mgr. Libor Benda Mgr. Ondřej Beran, Ph.D. Doc. PhDr. Nikolaj Demjančuk CSc. Mgr. Marek Havlík PhDr. Vladimír Havlík, CSc. Mgr. Tomáš Marvan, Ph.D. Mgr. Michal Polák, Ph.D. Mgr. Martin Švantner Mgr. Marie Větrovcová Mgr. Martin Vondrášek Prof. RNDr. Petr Vopěnka, DrSc.
Výzkumné centrum pro teorii a dějiny vědy tvoří tři výzkumné týmy, které se zaměřují na filosofii vědy a dějiny vědy v obdobích antiky, novověku a 20. století. V rámci těchto oblastí se pak zaměřují na zkoumání filosofických, kulturních a náboženských aspektů historie vědy, stejně jako na aktuální problémy spojené s teorií vědy. V rámci dějin vědy je preferován interdisciplinární přístup ve shodě s přesvědčením, že může vést k hlubšímu porozumění studovaných jevů a vyústit v neočekávané a originální vysvětlení jednotlivých událostí v dějinách vědy. Tento směr výzkumu zahrnuje též dějiny vědeckých termínů, metafor ve vědě užívaných a dějiny vědeckých metod. V rámci filosofie vědy se centrum zaměřuje na filosofii matematiky, interakci filosofie s kognitivními vědami a usiluje o nové interpretace klasické filosofie vědy. Obecně lze říci, že cílem centra je podporovat vytváření užšího propojení mezi filosofií a vědou.